כמו כל ערך, גם הערך "ריבונות אישית" כפוף לעיקרון איזון בין ערכים. יש מקרים שבהם יש צידוק ערכי להגביל או לפגוע בריבונות האישית של הזולת. כמובן, כל עוד זה מתבצע לאור ערכים אחרים במערכת הערכים, לתכלית ראויה, ובמידה ראויה.
הגנה על חפים מפשע
כאשר הריבונות האישית של אדם מופרת במכוון על ידי אחרים, מוצדק ערכית שאותו אדם יפעל מתוך הגנה עצמית ויעשה ככל שיידרש להפסיק את ההפרה הזו בכדי להגן על עצמו, גם אם פירוש הדבר פגיעה בריבונות האישית של התוקפים. בדומה, מוצדק ערכית שצד ג' יתערב לטובת המותקף ויעצור את פעולותיו של התוקפן.
לדוגמה, אם אדם מאיים בנשק על חייו של מישהו (נניח שהמאויים לא עשה דבר כדי לעורר את ההתקפה הזו), אזי מוצדק שהאדם המאוים ישתמש בכל האמצעים הנחוצים בכדי לעצור את האיום עליו, וזה כולל שימוש באלימות המפרה את ריבונותו האישית של התוקף. מוצדק גם שהמשטרה, או אנשים אחרים עד שמגיעה המשטרה, יתערבו כדי לעצור את התוקפנות.
התערבות כזו מוצדקת ערכית מכיוון שהתוקפן, במזיד, לא כיבד את ריבונותו של הזולת. לכן, בהתאם לערך של הדדיות, לתוקף אין הצדקה להתלונן כאשר המותקף, או מי שבאים להגנתו, מפרים את הריבונות האישית של התוקף. סובלנות כלפי אחרים אין פירושה סובלנות כלפי חוסר סובלנות – זה חסר כל היגיון או בסיס אתי.
כמובן שישנן דקויות רבות שעשויות להיות מעורבות כאן, כגון פגיעה מכוונת לעומת לא מכוונת, שימוש באמצעים הגנתיים סבירים ופרופורציונליים לגודל האיום ולא שימוש בכוח מופרז, פעולה מתוך זהירות לעומת מתוך נקמה וכו'. אפשר וכדאי לקיים דיונים על מקרים כאלה כדי לברר אותם.
אדם שאינו יכול לממש את ריבונותו האישית
כאשר אדם נמצא במצב בו אינו יכול לממש בפועל את ריבונותו האישית במלואה, מוצדק ערכית להתערב ולפעול עליו אפילו ללא הסכמתו ואף בניגוד להסכמתו, כמובן בהתאם למערכת הערכים ובאיזון הראוי.
דוגמה אחת היא מצב בו אדם מתעלף מסיבה רפואית או תאונה. הוא מחוסר הכרה ואינו יכול לממש את הריבונות האישית שלו. צוות רפואי שמנסה לעזור לו, ואולי בני המשפחה שלו, מחליטים החלטות עבורו, כגון איזה ניתוח לעשות עליו, כדי להציל את חייו. התערבות זו מוצדקת לאור הערכים של אכפתיות ושְׁלוֹמוּת, ובפרט: קדושת החיים והצלת חיים.
דוגמה נוספת היא ילדים שעדיין אינם יכולים להבין את כל המורכבות של סיטואציה, או עדיין אינם יודעים לשלוט בעצמם כדי שלא לפגוע בעצמם או באחרים. מוצדק ערכית, שוב בשם הערכים של אכפתיות ושְׁלוֹמוּת, שההורים יחליטו החלטות בשביל הילד, ולפעמים אף יפעילו עליו כפייה, כל עוד זה נעשה לא רק מתוך גחמות של ההורים, אלא למען טובת הילד, ולאור מערכת הערכים. לדוגמה, מוצדק שהורים יאסרו על הילד שלהם לאכול יותר מדי ממתקים, וזאת כדי לשמור על בריאותו.
בדומה, אדם שנמצא תחת השפעה של חומרים כימיים כלשהם המפריעים לשיפוט ראוי, או אדם עם פיגור שכלי, אינם יכולים לממש ריבונות אישית מלאה. לפעמים מוצדק שאדם מתאים (ככגון הורה, אפוטרופוס, או איש מקצוע מוסמך ומתאים) ייקח אחריות על אדם כזה, ויקבל החלטות ומעשים עבורו, כל עוד הדבר נעשה לטובת האדם שמחליטים בשבילו. לדוגמה, אדם שנמצא תחת השפעת שיכרות או סמים ואינו יודע מה נעשה עם עצמו, מוצדק לקחת אותו פיזית (גם ללא הסכמתו, ואף חרף התנגדותו), כדי להביא אותו למקום מבטחים שם יוכל להתאושש.